1-    اصل رعایت :

-       رعایت شأن وجایگاه حوزه های علمیه وعدم خدشه به استقلال حوزه ها

-       رعایت اقتضائات و شؤون قانونی آموزش وپرورش وعدم نقض آن

-       رعایت دقیق قوانین و مقررات

2-    اصل فراگیری

-       فراگیر بودن همکاری ها و شمول همه مراکز و مؤسسات حوزوی

3-   اصل ولایت مداری :

-       حجیت نظر مقام معظم رهبری در مورد خطوط مشی محتوایی و جهت گیری های آموزش وپرورش

4-   اصل توان سنجی :

-       لحاظ توان مندی ها وشرایط علمی، تخصصی در بهره برداری از نیروهای حوزوی

-       توجه به عرصه های اصلی واصیل رسالت فکری، تربیتی وتبلیغی حوزه های علمیه

5-   اصل تمرکز در سیاست گذاری و عدم تمرکز در اجرا :

-   تمرکز در سیاست گذاری، برنامه ریزی کلان وتعیین ضوابط همکاری وعدم تمرکز در اجرای برنامه ها وطرح ها

6-    اصل مراقبت :

-       مراقبت دقیق در اجرای درست طرح ها و برنامه ها

-       ضابطه مند کردن کلیه فعالیت ها وهمکاری ها

7-   اصل نهادینه سازی

-       پرهیز از پراکنده کاری و شتاب زدگی

-       تلاش برای نهادینه کردن همکاری ها

-       تعریف دقیق عرصه های همکاری

8-    اصل توازن :

-       طرفینی بودن همکاری ها و توازن در توزیع وظایف ومسئولیت ها