اهم وظایف مجموعه های ترسیم شده در ساختار ستاد به شرح ذیل می باشد:

دفاتر تهران و قـم :

وظیفه هماهنگی وارتباط با اعضای ستاد در تهران وقـم برعهده این دو دفتر می باشد.

کمیته های تخصصی:

·          شناسایی ومعرفی متقابل نیازها و ظرفیت های حوزه های علمیه و وزارت آموزش وپرورش

·          کارشناسی و رایزنی درمورد طرح ها و ایده های واصله

·          رایزنی، تدوین و ارائه طرح های همکاری فی مابین

·          بستر سازی جهت انعقاد تفاهم نامه ها ، قراردادها و طرح های مصوب

·          پیگیری ونظارت بر چگونگی اجرای تفاهم نامه ها ، قراردادها و طرح های مصوب وهمچنین ارزیابی کلان از حسن اجرای طرح ها

کمیته های ستادی :

·          بررسی وشناسائی زمینه های همکاری بخش های مرتبط آموزش وپرورش ومراکز ومؤسسات حوزوی

·          بررسی وپیشنهاد راهکارهای علمی واجرائی همکاریها با مشورت دبیرخانه ستاد

·          پیگیری ونظارت براجرای طرح های مصوب ستاد همکاری ها دربخش مربوطه

کمیته های استانی :

·          ارتباط مستمر و‌‌ فعال با دبیرخانه ستاد همکاری های وزارت آموزش وپرورش و حوزه های علمیه

·          بررسی وشناسائی زمینه های همکاری در پهنه های تبلیغی، پرورشی، پژوهشی آموزشی مورد نیاز آموزش وپرورش

·          مراقبت ونظارت برحسن اجرای طرح ها و برنامه های مصوب